Yandere Simulator tem como protagonista a uma colegial chamada Yandere-Chan. Yandere é um termo que engloba a pessoas aparentemente carinhosas e gentiles mas que, em determinadas circunstâncias, se voltam muito violentas. Concretamente estas personagens mudam de personalidade quando suas expectativas amorosas não se cumprem. Nossa Yandere-Chan apaixonou-se de um colega do colégio, mas ela é demasiado tímida e não quer revelar-lhe seus sentimentos. Qual será seu plano então? Boicotar-lhe a vida amorosa! Se outra estudante acerca-se a Senpai, Yandere-Chan se encarregará de que desapareça da face da Terra para sempre…